Усі без винятку алхімічні вчення відрізняються таємничістю та секретністю, що в історії часто давало привід до їх неправильного розуміння. Уявлення про алхімію як про «примітивну хімію», що склалося в науці до кінця XIX століття, було повністю переглянуто у XX столітті.
Реальні алхімічні традиції, напевно, сполучають внутрішню роботу з отриманням деяких речовин. Як і всі езотеричні знання, алхімія ґрунтується на постулаті про подібність мікрокосму і макрокосму.
У всіх алхімічних традиціях виняткову роль має ртуть та її сульфід — кіновар (HgS), які часом навіть дають назву всій алхімічній системі. Наприклад, «расаяна» (один зі змістів — «колісниця ртуті», «вчення ртуті») — індійська алхімічна традиція, «дань»(«цинь») («мистецтво кіноварі») — китайська. У європейській алхімії слово, яке позначає ртуть, збігається з іменем покровителя алхімії — Меркурія (бога і планети) та її легендарного засновника (Гермеса Трисмегіста). Дієвості алхімічних методів, як вважали найчастіше, потрібне сприятливе розташування небесних тіл, які спостерігали астрологи. Тобто є також очевидним зв'язок між методами алхіміків та астрологів. Крім того, використовується сірка, 6 традиційних металів (свинець, залізо, мідь, олово, срібло, золото), сполуки арсену (перш за все ауріпігмент та реальгар), стибій, селітри, луги та деякі інші неорганічні та органічні сполуки, а в китайській, індійській і тибетській алхімії, крім того, коштовні камені та трави.
У всіх алхімічних системах важливе значення мають ідеї:
очищення речовин, що беруть участь у роботі, шляхом прожарювання, переплавлення, амальгамування, дистиляції;
священного шлюбу, сполучення чоловічого та жіночого принципів, поєднання протилежностей.
Остання в європейській алхімії має форму «хімічного весілля», «королівського шлюбу», сполучення брата і сестри, Сонця і Місяця, Гермафродита і Салмакіди, самця і самки різних тварин, в індійській — союз Шиви і Шакті, в китайській — з'єднання дракона і тигра чи зустрічі Пастуха і Ткачихи (Небесної Діви). Для єгипетсько-греко-арабсько-європейської алхімічної традиції виключно важливу роль має також ідея смерті (зазвичай у формі вбивства) і воскресіння.
Жодна з алхімічних традицій не описана скільки-небудь повно сучасною наукою. Дослідження знаходяться у початковій стадії, більш чи менш достовірно реконструйовані лише окремі фрагменти алхімічних систем. Ведуться дискусії навіть з основних питань. Це пов'язано перш за все з самим характером алхімічних вчень, що мають практичну спрямованість та передбачають трансформацію самого алхіміка. Основне відкриття дослідників алхімічних систем полягає в тому, що останні не можна правильно зрозуміти без практичного проходження всіх їх стадій самим дослідником. За своєю будовою алхімічні знання становлять дивовижні чарівні світи, сповнені загадок і таємниць. Цілком можливо, що нова інформація змінить наше уявлення про середньовічну алхімію та давні часи загалом.
Не зрозуміло, наскільки подібними є алхімічні системи різних культур і, зокрема, наскільки аналогічними є їх кінцеві результати. Також залишаються відкритими питання про походження алхімічних традицій, існування єдиного їх джерела, взаємні зв'язки та запозичення.
Існує думка про наявність генетичного зв'язку всередині таких груп:
- платонізм, пізньоантичний гностицизм, християнство, неоплатонізм, зорастризм, манихейство, каббала, суфізм, елліністична, єгипетсько-елліністична, візантійська, арабська та європейська алхімія;
- практики сиддхарів — доарійського населення Індостана, індійська та буддійська тантра, індійська і тибетська алхімія;
- даосизм, китайська алхімія та алхімічні практики регіону китайського культурного впливу — Японія, Корея, Індокитай.